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依据《药品经营许可证管理办法》，重庆注销药品经营许可证一般按照以下流程进行：

1. 准备材料重庆市政务服务网 ：
   1. 药品零售企业注销《药品经营许可证》《药品经营质量管理规范认证证书》书面申请书。
   2. 注销《药品经营许可证》《药品经营质量管理规范认证证书》申报表。
   3. 《药品经营许可证》正、副本原件，《药品经营质量管理规范认证证书》原件。
   4. 《工商营业执照》复印件或工商行政管理部门出具的准予注销决定书。
   5. 申报资料真实性自我保证声明。
   6. 授权委托书，申请人不是法定代表人或负责人本人时须提交。
2. 提交申请：申请人将准备好的材料提交至原发证的药品监督管理部门，可以选择窗口现场提交，也可以通过重庆市政务服务网等线上渠道进行提交。
3. 受理审核：药品监督管理部门收到申请材料后，会对材料的完整性和合规性进行审查，如果材料不齐全或不符合形式审查要求，会当场告知申请人需要补正的内容lincang.gov.cn 。若材料符合要求，则予以受理，随后对申请事项的合法性、合理性进行审查重庆人民政府政务服务网 。
4. 作出决定：符合注销情形的，药品监督管理部门会在承诺办结时限内作出准予注销的决定，并出具注销行政许可决定书，通常法定办结时限为 20 个工作日，承诺办结时限是 10 个工作日重庆人民政府政务服务网 。不符合注销条件的，则不予注销并告知理由。